Fonzie,
per esperienza diretta ti posso dire questo:
qualche tempo fà, a seguito di una assegnazione anticipata, mi hanno caricato in portafoglio 100 azioni short e sono andato in negativo in portafoglio.
Ho chiuso il tutto in intraday, per evitare penali e commissioni overnight (il mio broker è iw).
E' chiaro che sè sei in negativo multiday, qualche penale/commissioni di sconfinamento ti viene applicato. Comunque per questi casi conviene indagare con il proprio broker.

Però quello che volevo chiederti è questo: perchè vuoi farti caricare le azioni long/short sul tuo portafoglio?
non ti conviene chiudere prima della scadenza la tua strategia?